[Gn1toGn2] import TaxHub #2

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opened 2020-05-31 00:33:32 +02:00 by fcloitre · 3 comments
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Importation des données de TaxHub Gn1 vers Gn2

Importation des données de TaxHub Gn1 vers Gn2
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Le travail de montée en version de TaxRef nécessite de se pencher sur quelques cas de figure concernant la gestion des correspondances TaxRef avec notamment l'éclatement des taxons en taxons distincts (cas split ou split and merge). Voici pour cette bdd le nombre de cas comptés par types (cf. issue https://github.com/PnX-SI/TaxHub/issues/156) :

cas count
split and merge 2
update cd_ref 72
merge 13
NULL 7974
split 6

Plus d'informations à venir...

Le travail de montée en version de TaxRef nécessite de se pencher sur quelques cas de figure concernant la gestion des correspondances TaxRef avec notamment l'éclatement des taxons en taxons distincts (cas `split` ou `split and merge`). Voici pour cette bdd le nombre de cas comptés par types (cf. issue https://github.com/PnX-SI/TaxHub/issues/156) : | cas | count | | :--- | :--- | | split and merge | 2 | | update cd\_ref | 72 | | merge | 13 | | NULL | 7974 | | split | 6 | Plus d'informations à venir...
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Voici en synthèse les cas spécifiques sur lesquels il est nécessaire de se pencher. Quoiqu'il en soit, je propose de conserver les cd_nom dans les données d'origine. En revanche, il y a un travail de mise à jour à mener dans TaxHub pour gérer votre "bibliothèque" de taxons et notamment les données associées (attributs et médias utilisés notamment dans votre atlas). Pour ces 3 cas de figure, Je peux traiter automatiquemenent une petite partie des taches (rattachemenet des médias dans les cas de fusion), en revanche, il sera nécessaire de revenir ultérieurement sur la gestion des attributs (dans les 3 cas de figure) ainsi que sur les médias en cas de split (pour choisir à quel taxon rattacher tel ou tel média). C'est aussi l'occasion pour vous de faire le point sur ces différents taxons pour évaluer la pertinence des identifications.

  • Les cas split (éclatement) : Il s'agit d'un éclatement de taxons autrefois regroupés sous un taxon unique éclaté en deux taxons distincts (ex. l'espèce type et une sous espèce qui deviennent deux espèces distinctes).

  • Les cas merge (fusion): Il s'agit d'une fusion de deux taxons autrefois distingués (ex. deux sous-espèces qui n'en sont finalement pas). A priori, pas de pb pour fusionner ces taxons.

  • Les cas split and merge (éclatement ET fusion): Il s'agit du cas de figure le plus complexe, les taxons (nom scientifique) autrefois regroupés sous un taxon unique ont été éclatés en deux taxons distincts puis fusionnés en au sein de un ou plusieurs taxons "officiels". En ce qui vous concerne, il s'agit uniquement de l'Ephippiger.

cas i_cd_ref i_cd_nom f_cd_ref f_cd_nom lb_nom group2_inpn lots count
split and merge 535823 535823, 536062 535823 65649, 535823 Ephippiger diurnus, Ephippiger ephippiger Insectes Contact invertébrés, Historique SERENA 30
split and merge 535823 535823, 536062 536062 536062 Ephippiger diurnus diurnus Insectes Contact invertébrés, Historique SERENA 3
split 5051 5051, 5054 5051 5051 Ulota crispa Mousses Historique SERENA 11
split 5051 5051, 5054 819546 5054 Ulota crispula Mousses Historique SERENA 2
split 46353 46353, 46354 46353 46353 Claviceps purpurea Autres Historique SERENA 1
split 46353 46353, 46354 46354 46354 Claviceps microcephala Autres Historique SERENA 9
split 243889 243889, 243890 243889 243889 Tachinus rufipennis Insectes Historique SERENA 6
split 243889 243889, 243890 719791 243890 Tachinus signatus Insectes Historique SERENA 1
merge 259 259 259 259, 263 Bufo bufo, Bufo bufo bufo Amphibiens Contact vertébrés, Historique SERENA, Mortalité 766
merge 263 263 259 259, 263 Bufo bufo, Bufo bufo bufo Amphibiens Contact vertébrés, Historique SERENA, Mortalité 766
merge 23705 23705 23705 23705, 23708, 23711 Eristalis arbustorum, Eristalis interrupta, Eristalis nemorum Insectes Contact invertébrés, Historique SERENA 16
merge 23711 23708, 23711 23705 23705, 23708, 23711 Eristalis arbustorum, Eristalis interrupta, Eristalis nemorum Insectes Contact invertébrés, Historique SERENA 16
merge 51610 51610 51610 51610, 238414 Graphosoma italicum, Graphosoma lineatum Insectes Contact invertébrés, Historique SERENA 69
merge 52578 52578 52580 52578, 52580 Rhogogaster dryas, Rhogogaster viridis Insectes Historique SERENA 5
merge 52580 52580 52580 52578, 52580 Rhogogaster dryas, Rhogogaster viridis Insectes Historique SERENA 5
merge 65649 65649 535823 65649, 535823 Ephippiger diurnus, Ephippiger ephippiger Insectes Contact invertébrés, Historique SERENA 30
merge 67772 67772 67772 67772, 67778 Salmo trutta, Salmo trutta fario Poissons Contact vertébrés, Historique SERENA 32
merge 67778 67778 67772 67772, 67778 Salmo trutta, Salmo trutta fario Poissons Contact vertébrés, Historique SERENA 32
merge 238414 238414 51610 51610, 238414 Graphosoma italicum, Graphosoma lineatum Insectes Contact invertébrés, Historique SERENA 69
merge 459524 4053, 459524 199425 4053, 4057, 199425, 459524 Saxicola rubicola, Saxicola torquata, Saxicola torquata rubicola, Saxicola torquatus Oiseaux Contact vertébrés, Historique SERENA 123
merge 782304 4057, 199425 199425 4053, 4057, 199425, 459524 Saxicola rubicola, Saxicola torquata, Saxicola torquata rubicola, Saxicola torquatus Oiseaux Contact vertébrés, Historique SERENA 123
Voici en synthèse les cas spécifiques sur lesquels il est nécessaire de se pencher. Quoiqu'il en soit, je propose de conserver les cd_nom dans les données d'origine. En revanche, il y a un travail de mise à jour à mener dans TaxHub pour gérer votre "bibliothèque" de taxons et notamment les données associées (attributs et médias utilisés notamment dans votre atlas). Pour ces 3 cas de figure, Je peux traiter automatiquemenent une petite partie des taches (rattachemenet des médias dans les cas de fusion), en revanche, il sera nécessaire de revenir ultérieurement sur la gestion des attributs (dans les 3 cas de figure) ainsi que sur les médias en cas de split (pour choisir à quel taxon rattacher tel ou tel média). C'est aussi l'occasion pour vous de faire le point sur ces différents taxons pour évaluer la pertinence des identifications. * **Les cas split (éclatement)** : Il s'agit d'un éclatement de taxons autrefois regroupés sous un taxon unique éclaté en deux taxons distincts (ex. l'espèce type et une sous espèce qui deviennent deux espèces distinctes). * **Les cas merge (fusion)**: Il s'agit d'une fusion de deux taxons autrefois distingués (ex. deux sous-espèces qui n'en sont finalement pas). A priori, pas de pb pour fusionner ces taxons. * **Les cas *split and merge* (éclatement ET fusion)**: Il s'agit du cas de figure le plus complexe, les taxons (nom scientifique) autrefois regroupés sous un taxon unique ont été éclatés en deux taxons distincts puis fusionnés en au sein de un ou plusieurs taxons "officiels". En ce qui vous concerne, il s'agit uniquement de l'Ephippiger. | cas | i\_cd\_ref | i\_cd\_nom | f\_cd\_ref | f\_cd\_nom | lb\_nom | group2\_inpn | lots | count | | :--- | :--- | :--- | :--- | :--- | :--- | :--- | :--- | :--- | | split and merge | 535823 | 535823, 536062 | 535823 | 65649, 535823 | Ephippiger diurnus, Ephippiger ephippiger | Insectes | Contact invertébrés, Historique SERENA | 30 | | split and merge | 535823 | 535823, 536062 | 536062 | 536062 | Ephippiger diurnus diurnus | Insectes | Contact invertébrés, Historique SERENA | 3 | | split | 5051 | 5051, 5054 | 5051 | 5051 | Ulota crispa | Mousses | Historique SERENA | 11 | | split | 5051 | 5051, 5054 | 819546 | 5054 | Ulota crispula | Mousses | Historique SERENA | 2 | | split | 46353 | 46353, 46354 | 46353 | 46353 | Claviceps purpurea | Autres | Historique SERENA | 1 | | split | 46353 | 46353, 46354 | 46354 | 46354 | Claviceps microcephala | Autres | Historique SERENA | 9 | | split | 243889 | 243889, 243890 | 243889 | 243889 | Tachinus rufipennis | Insectes | Historique SERENA | 6 | | split | 243889 | 243889, 243890 | 719791 | 243890 | Tachinus signatus | Insectes | Historique SERENA | 1 | | merge | 259 | 259 | 259 | 259, 263 | Bufo bufo, Bufo bufo bufo | Amphibiens | Contact vertébrés, Historique SERENA, Mortalité | 766 | | merge | 263 | 263 | 259 | 259, 263 | Bufo bufo, Bufo bufo bufo | Amphibiens | Contact vertébrés, Historique SERENA, Mortalité | 766 | | merge | 23705 | 23705 | 23705 | 23705, 23708, 23711 | Eristalis arbustorum, Eristalis interrupta, Eristalis nemorum | Insectes | Contact invertébrés, Historique SERENA | 16 | | merge | 23711 | 23708, 23711 | 23705 | 23705, 23708, 23711 | Eristalis arbustorum, Eristalis interrupta, Eristalis nemorum | Insectes | Contact invertébrés, Historique SERENA | 16 | | merge | 51610 | 51610 | 51610 | 51610, 238414 | Graphosoma italicum, Graphosoma lineatum | Insectes | Contact invertébrés, Historique SERENA | 69 | | merge | 52578 | 52578 | 52580 | 52578, 52580 | Rhogogaster dryas, Rhogogaster viridis | Insectes | Historique SERENA | 5 | | merge | 52580 | 52580 | 52580 | 52578, 52580 | Rhogogaster dryas, Rhogogaster viridis | Insectes | Historique SERENA | 5 | | merge | 65649 | 65649 | 535823 | 65649, 535823 | Ephippiger diurnus, Ephippiger ephippiger | Insectes | Contact invertébrés, Historique SERENA | 30 | | merge | 67772 | 67772 | 67772 | 67772, 67778 | Salmo trutta, Salmo trutta fario | Poissons | Contact vertébrés, Historique SERENA | 32 | | merge | 67778 | 67778 | 67772 | 67772, 67778 | Salmo trutta, Salmo trutta fario | Poissons | Contact vertébrés, Historique SERENA | 32 | | merge | 238414 | 238414 | 51610 | 51610, 238414 | Graphosoma italicum, Graphosoma lineatum | Insectes | Contact invertébrés, Historique SERENA | 69 | | merge | 459524 | 4053, 459524 | 199425 | 4053, 4057, 199425, 459524 | Saxicola rubicola, Saxicola torquata, Saxicola torquata rubicola, Saxicola torquatus | Oiseaux | Contact vertébrés, Historique SERENA | 123 | | merge | 782304 | 4057, 199425 | 199425 | 4053, 4057, 199425, 459524 | Saxicola rubicola, Saxicola torquata, Saxicola torquata rubicola, Saxicola torquatus | Oiseaux | Contact vertébrés, Historique SERENA | 123 |
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